Le Conseil Général est une communauté au service de la mission et de l’unité de la Fraternité tout entière. Il est constitué de six petites sœurs et l’une d’elles est la responsable générale. Elles sont élues par le Chapitre (assemblée de petites sœurs) et leur mandat dure six ans. Elles relisent leur service et en rendent compte au Chapitre suivant. En dehors des visites aux fraternités dispersées dans le monde, elles vivent et travaillent à Tre Fontane où elles collaborent étroitement avec les services généraux (économat, secrétariat et équipe de formation). Chaque petite sœur de Jésus est coresponsable, avec le Conseil, de la mission et du charisme de la Fraternité.
Ces 22 et 23 septembre 2023, le Chapitre général vient d’élire le nouveau Conseil Général.